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La sesta stagione della serie televisiva X-Files è andata in onda negli Stati Uniti su FOX dall'8 novembre 1998 al 16 maggio 1999.
In Italia è stata trasmessa dal 21 marzo 1999 al 2 aprile 2000. Nella sua prima trasmissione italiana non è stato seguito l'ordine cronologico originale degli episodi: il 18º è stato accorpato alla stagione successiva.
| nº | Titolo originale | Titolo italiano | Prima TV USA | Prima TV Italia |
|---|---|---|---|---|
| 1 | The Beginning | Il principio | 8 novembre 1998 | 21 marzo 1999 |
| 2 | Drive | La corsa | 15 novembre 1998 | 11 aprile 1999 |
| 3 | Triangle | Triangolo | 22 novembre 1998 | 18 aprile 1999 |
| 4 | Dreamland | Area 51 I | 29 novembre 1998 | 30 maggio 1999 |
| 5 | Dreamland II | Area 51 II | 6 dicembre 1998 | |
| 6 | How The Ghosts Stole Christmas | Fantasmi | 13 dicembre 1998 | 13 giugno 1999 |
| 7 | Terms of Endearment | Ecografie | 3 gennaio 1999 | 6 giugno 1999 |
| 8 | The Rain King | Il re della pioggia | 10 gennaio 1999 | |
| 9 | S.R. 819 | S.R. 819 | 17 gennaio 1999 | 13 giugno 1999 |
| 10 | Tithonus | Vita eterna | 24 gennaio 1999 | 20 giugno 1999 |
| 11 | Two Fathers | Due padri | 7 febbraio 1999 | 5 marzo 2000 |
| 12 | One Son | Un figlio | 14 febbraio 1999 | |
| 13 | Agua Mala | Agua mala | 21 febbraio 1999 | 12 marzo 2000 |
| 14 | Monday | Lunedì | 28 febbraio 1999 | |
| 15 | Arcadia | Arcadia | 7 marzo 1999 | 20 giugno 1999 |
| 16 | Alpha | Alpha | 28 marzo 1999 | 19 marzo 2000 |
| 17 | Trevor | Trevor | 11 aprile 1999 | |
| 18 | Milagro | Milagro | 18 aprile 1999 | 16 aprile 2000 |
| 19 | The Unnatural | L'innaturale | 25 aprile 1999 | 26 marzo 2000 |
| 20 | Three of a Kind | Tris | 2 maggio 1999 | |
| 21 | Field Trip | Allucinazioni | 9 maggio 1999 | 2 aprile 2000 |
| 22 | Biogenesis | Biogenesi | 16 maggio 1999 |